Membro titular da CPI dos Bingos, entre 2005 e 2006, Alvaro Dias contribuiu para muitas linhas de investigações, principalmente em relação ao assassinato do prefeito de Santo André Celso Daniel e a violação do sigilo bancário do caseiro Francenildo Costa. O senador liderou subcomissão que foi à Caixa Econômica cobrar explicações dos diretores do banco, que mais tarde foram afastados, assim como o então ministro Antônio Palocci. Alvaro Dias apresentou voto em separado pedindo o indiciamento de Gilberto Carvalho e José Dirceu, que tinham sido excluídos do relatório final.

Entre 2005 e 2006, o senador Alvaro Dias foi membro titular da CPMI dos Correios que investigou um grande esquema de corrupção envolvendo parlamentares, governo, bancos e empresas. O senador se destacou nas investigações, levantando dados sobre contratos irregulares de publicidade e remessas ilegais de dinheiro para o exterior. No fim da CPMI, Alvaro Dias apresentou voto em separado pedindo a responsabilização do presidente da República. Com base nas investigações da CPMI dos Correios, o Procurador-Geral da República denunciou 40 pessoas, já transformadas em réus pelo Supremo Tribunal Federal.

Também presidida por Alvaro Dias, a CPMI da Terra, realizada entre 2003 e 2005, aprovou um relatório final que propôs, entre outras coisas, o indiciamento de representantes de associações por desvio de verbas públicas e irregularidades do governo federal na efetivação da reforma agrária.