No primeiro ano da nova legislatura (2007), Alvaro Dias foi escolhido para representar o PSDB na CPI das ONGs. 

Entre 2005 e 2006, o senador  foi membro titular das CPIs dos Correios e dos Bingos. As duas comissões revelaram um grande esquema de corrupção envolvendo parlamentares, governo, bancos e empresas.

Alvaro Dias também presidiu a CPMI da Terra, comprovando desvios de verbas destinadas à reforma agrária, e a CPI do Futebol, que denunciou 17 dirigentes de clubes e propôs novas regras que viraram leis e marcaram uma nova fase nos campos, como o Estatuto do Torcedor e a Lei de Responsabilidade Social do Desporto Brasileiro.

Vice-presidente nacional do PSDB, Alvaro Dias é hoje membro da mais importante comissão do Senado: a Comissão de Constituição e Justiça. Na última legislatura também integrou como titular a CCJ, assim como a Comissão de Relações Exteriores.

Como membro da CRE, promoveu uma audiência pública em Foz do Iguaçu para discutir os problemas da fronteira e criou uma Comissão Paritária formada por parlamentares do Brasil e do Paraguai. O senador liderou o bloco de oposição e teve vários projetos importantes aprovados pelo Congresso.

A Lei Alvaro Dias, sancionada pelo presidente Lula no fim de 2003, aumentou em 120% os repasses do salário educação para o ensino fundamental. A Lei eliminou a burocracia e os intermediários e determinou o repasse direto do dinheiro aos municípios brasileiros. Só no Paraná, foram R$ 42 milhões a mais nos cofres das prefeituras.

O Senado também aprovou, entre outros, o projeto de autoria de Alvaro Dias que cria o Fundo de Recuperação Econômica de Foz do Iguaçu (Funref) e o que prevê a obrigatoriedade do repasse de recursos do orçamento para a Segurança Pública, sob pena de crime de responsabilidade do ministro da Fazenda.